Die Pfarrkirche zur Heiligen Dreifaltigkeit in Schattdorf wurde 1728 bis 1733 erbaut und stellt mit ihren von Jodok Ritz reich geschmückten Altären, Beicht- und Chorstühlen sowie ihrer Kanzel eindrücklich den Höhepunkt barocker Kirchenbaukunst im Kanton Uri dar. Ihre erste Orgel, deren historische Gehäusefront bis heute erhalten blieb, wurde zwischen 1734 und 1736 aus dem gotischen Vorgängerbau in das neue Gotteshaus übernommen. Sie war das Werk von Josef Bossart (1665-1748), der 1696 in Andermatt in der St. Peter- und Paulskirche sein erstes Instrument baute und 1698 die Orgel in Schattdorf schuf.
Nach dem Verlust von Pfeifenwerk und Mechanik im Laufe der Jahrhunderte besass das Instrument zuletzt 17 Register auf zwei Manualen und Pedal, die hinter dem historischen Prospekt sowie in zwei seitlich hängenden Schwalbennestgehäusen eingebaut waren.Die neue Mathis-Orgel wurde in das restaurierte und in seinen Originalzustand zurückgeführte Gehäuse eingefügt. Sie besitzt eine barock orientierte Disposition mit 19 Registern auf zwei Manualen und Pedal sowie rein mechanische Trakturen. Das Kollaudierungskonzert am 8. Dezember 2014 spielten Karl Arnold und Franz Muheim.