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Das Instrument wurde 1760 als Schwalbennestorgel an der nördlichen Chorwand erbaut und aus Gründen der Symmetrie an der südlichen Chorwand mit einem identischen, jedoch stummen Gegenstück versehen. Der Name des Erbauers war im Laufe der Jahrhunderte in Vergessenheit geraten, doch konnte mittlerweile nachgewiesen werden, dass das bis dahin anonyme Werk von Victor Ferdinand Bossart (1699-1772), einem Mitglied der bedeutendsten Schweizer Orgelbauerdynastie, erbaut wurde.

Zu Beginn des 20. Jahrhunderts befand sich das Werk in desolatem Zustand. 1937 sollte es anlässlich einer Renovation der Kirche wiederhergestellt und elektrisch an den Spieltisch der damaligen Hauptorgel angeschlossen werden, doch fehlten hierzu die finanziellen Mittel, so dass die Chororgel weiterhin in unspielbarem Zustand blieb.

Von ihren originalen Bestandteilen gingen in späteren Jahren beim Einbau einer Warmluftheizung wesentliche Teile verloren (der Gehäuseunterbau mit der Manual- und angehängten Pedalklaviatur, die gesamte Spielmechanik, die Registertraktur mit den schmiedeeisernen Registerhebeln sowie hinter der Orgel die Keilbalganlage), die nun unter Aufsicht von Rudolf Bruhin, Konsulent der eidgenössischen Kommission für Denkmalpflege, bei der Wiederherstellung durch Mathis Orgelbau originalgetreu rekonstruiert wurden. Als Vorbild dienten hierzu die historischen Chororgeln der Klosterkirche Muri sowie die 1985 durch Mathis restaurierte Chororgel von Victor Ferdinand Bossart in der Klosterkirche Einsiedeln.

War beim Abbau der Chororgel und der Inventarisierung der verbliebenen Bestandteile 1996 noch der Verlust des gesamten inneren Pfeifenwerks zu beklagen, so konnten die fehlenden vier Register doch noch auf dem Dachboden des Pfarrhauses aufgefunden werden. Jede einzelne der teilweise schwer beschädigten Pfeifen wurde gewissenhaft instandgesetzt, um hinter dem originalen Prospektregister auf der restaurierten Windlade den angestammten Platz wieder einnehmen zu können (von den insgesamt 315 Pfeifen sind 276 original und 39 Pfeifen rekonstruiert). Durch den glücklichen Fund der verloren geglaubten Pfeifen liessen sich nicht nur die ursprüngliche Disposition, sondern auch die originale Stimmung der historischen Chororgel eindeutig bestimmen, so dass das Instrument nicht nur die alte Konzeption, sondern auch wieder jenes Klangbild aufweist, das ihm sein Schöpfer 1760 verliehen hat.

I-P/5

Manual / C D E F G A - c ''' (45)
Principal	8'
Coppel	8'
Ottava	8'
Quint	3'
Mixtur II
Pedal / C D E F G A - e° (13)
an das Manual angehängt